涵洞洞身、洞身与端墙、翼墙、进出水口急流槽交接处必须设置沉降缝，但无圬工基础的圆管涵仅于交接处设置沉降缝，洞身范围不设。具体设置位置视结构物和地基土的情况而定。

洞身沉降缝

一般每隔4—6m设置1处，但无基础涵洞仅在洞身涵节与出人口涵节间设置，缝宽一般3cm。两端与附属工程连接处也各设置1处。

其它沉降缝

凡地基土质发生变化、基础埋置深度不一、基础对地基的荷载发生较大变化处、基础填挖交界处、采用填石垫高基础交界处，均应设置沉降缝。

岩石地基上的涵洞

凡置于岩石地基上的涵洞，不设沉降缝。

斜交涵洞

斜交涵洞洞口正做的，其沉降缝应与涵洞中心线垂直；斜交涵洞洞口斜做的，沉降缝与路基中心线平行；但拱涵与管涵的沉降缝，一律与涵洞轴线垂直。